Mitunter können die Fehlregulationen der CMD Schmerzen verursachen, oft machen sie sich jedoch ausschließlich durch Symptome wie Schwindelgefühle, Kopfschmerzen, Lichtempfindlichkeit, Herzrasen und Stressempfinden bemerkbar. Die Diagnose erfolgt unter anderem durch eine Funktionsanalyse, sowie verschiedene bildgebende Verfahren wie der Röntgendiagnostik, Magnetresonanztomographie oder Sonographie. Außerdem sollte eine Abklärung anderer möglicher Ursachen für die Symptome, wie etwa Probleme mit der Halswirbelsäule, erfolgen.