Eine Gaumenspalte kann viele Ursachen haben, eine Annahme ist, dass die Ursache eine Kombination aus äußeren und erblichen Faktoren ist. Die genetischen Ursachen sind so weit bekannt, dass Personen mit einer Lippenspalte oftmals auch Familienmitglieder mit einer solchen haben. Äußere Faktoren sind während der Embryonalentwicklung beispielsweise Sauerstoffmangel, Alkohol- und/oder Zigarettenkonsum der Mutter sowie Krankheiten der Mutter während der Schwangerschaft. Zudem gibt es einige weitere exogenen Ursachen, die auf die Bildung einer Lippenspalte zurückführen.
